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一方、「悪玉菌」は、タンパク質を分解して便やおならの悪臭の元となる腐敗物質を作ります。大腸菌やクレブシエラ属の肺炎桿かんき菌んなどが代表的な菌です。大腸菌グループのほとんどの菌は無害ですが、なかには体の不調や病気の原因となる病原性の強い菌種が存在します。重い食中毒を発症させるO157などは有名ですね。ボツリヌス菌やウェルシュ菌なども毒素を産生する悪玉菌ですが、日和見菌に分類されるファーミキューテスというグループの一種です。また食中毒を引き起こす黄色ブドウ球菌もファーミキューテスに属する菌の一種です。

善玉菌と悪玉菌の違いは、何をエサにし、代謝物として何を産生するかの違いです。その代謝物がヒトにとって役立つか有害かで、善玉菌か悪玉菌かに区別されています。

「日和見菌」に分類されるグループには、善玉菌の菌種と悪玉菌の菌種の両方が含まれています。善玉菌と同じ働きをする日和見菌を活発にするには、善玉菌が好む環境を作ってあげれば良いのです。